Με το εύλογο σκεπτικό ότι "η παραδοχή του παραπεμπτικού βουλεύματος ότι όλοι τα έκαναν όλα είναι απορριπτέα", ο εισαγγελέας της μεγάλης δίκης με τους 17 κατηγορούμενους για συμμετοχή στην οργάνωση "Συνωμοσία Πυρήνων της Φωτιάς" , ανέτρεψε μετά από δύο χρόνια ακροαματικής διαδικασίας μεγάλο μέρος των κατηγορητηρίων.
Μετά την ολοκλήρωση της αποδεικτικής διαδικασίας στο ακροατήριο όπου συνεκδικάστηκαν διάφορες δικογραφίες, όπως τα βομβοδέματα σε πρεσβείες, στη γερμανίδα καγκελάριο Άνγκελα Μέρκελ και αλλού , ο εισαγγελέας της έδρας, Σωτήρης Μπάγιας ,εισηγήθηκε την απαλλαγή από το βασικό αδίκημα της ένταξης και συμμετοχής στην οργάνωση των περισσοτέρων από τους κατηγορούμενους.
Συγκεκριμένα πρότεινε την καταδίκη γι αυτή την πράξη μόνο για έξι από τους 17 κατηγορούμενους. (Γερ. Τσάκαλο, Ιω. Μιχαηλίδη, Θ. Μαυρόπουλο, Ολγα Οικονομίδου, Κ. Σακκά, και Στ. Αντωνίου).
Αντίστοιχα, πρότεινε στο δικαστήριο να γίνει δεκτή η ένσταση εκκρεμοδικίας που έχει υποβάλει η υπεράσπιση για εννέα κατηγορούμενους (Χ. Χατζημιχελάκη, Ντ. Μπολάνο, Χρ. Τσάκαλο, Γ. Νικολόπουλο, Μιχ. Νικολόπουλο, Γ. Πολυδώρου, Π. Αργυρού, Γ. Καραγιαννίδη και Αλ. Μητρούσια).
Υποστήριξε ότι θα πρέπει να κηρυχθεί απαράδεκτη η ποινική δίωξη και να απαλλαγούν οι εν λόγω κατηγορούμενοι, καθώς "όσοι έχουν καταδικαστεί για τρομοκρατικές πράξεις (187Α ΠΚ) δεν πρέπει να κατηγορούνται ξανά γι αυτό".
Τέλος, εισηγήθηκε την αθώωση για την ίδια πράξη του Κ. Παπαδόπουλου, με το σκεπτικό ότι "δεν μπορεί να είναι μέλος σε μία οργάνωση και να μην κατηγορείται για καμία άλλη πράξη. Ένα μέλος που δεν συμμετέχει σε καμία πράξη σημαίνει ότι δεν είναι μέλος. Το γεγονός ότι διανυκτέρευσαν κατηγορούμενοι σπίτι του δεν σημαίνει τίποτα απολύτως".
Παράλληλα, έκρινε ότι θα πρέπει να απαλλαγεἰ από την κατηγορία της διεύθυνσης της οργάνωσης και ηθικής αυτουργίας κακουργημάτων, ο ήδη καταδικασθείς, Χ. Χατζημιχελάκης. Σύμφωνα με τον εισαγγελέα "για να έχει κάποιος μια διευθυντική θέση πρέπει να έχει συγκεκριμένα χαρακτηριστικά, που νομίζω ότι τίποτα από όλα αυτά δεν υπάρχουν. Και αν κάποιος κάνει ένα ψυχογράφημα του κατηγορούμενου, θα δει ότι το επίμαχο διάστημα ήταν κρατούμενος και δεν μπορούσε να πείσει όλους τους υπολοίπους να τελέσουν τις επίμαχες πράξεις. Άλλωστε, οι πολιτικές θέσεις των κατηγορουμένων δεν συνάδουν με τη λογική της ιεραρχίας".
Μεταξύ άλλων, ο εισαγγελέας Εφετών ζήτησε:
Για τη δικογραφία των "βόμβο-δεμάτων": ενοχή των κατηγορουμένων για μία πράξη, αυτή της κατασκευής και κατοχής εκρηκτικών μηχανισμών από κοινού κατά συρροή με επιβαρυντικές πράξεις, ενώ για το αδίκημα της έκρηξη και της απόπειρα έκρηξης ζήτησε την καταδίκη του Γερ. Τσάκαλου και του Π. Αργυρού (απλή συνέργια) και του Χρ. Τσάκαλου (απλή συνέργια στην απόπειρα έκρηξης). Οι υπόλοιποι 5 κατηγορούμενοι που αντιμετωπίζουν τις ίδιες πράξεις (Οικονομίδου, Πολυδώρου, Μιχ. Νικολόπουλο, Γ. Νικολόπουλο και Ντ. Μπολάνο) έκρινε πως θα πρέπει να απαλλαγούν, λόγω αμφιβολιών.
Για την υπόθεση των όπλων που κατασχέθηκαν από διάφορα διαμερίσματα: την απαλλαγή από την κατηγορία της διεύθυνσης της οργάνωσης για τους Ντ. Μπολάνο, Γ. Νικολόπουλο και Χρ. Τσάκαλο, αφού "δεν υπήρξε κανένα στοιχείο, δεν υπάρχει καμία συμμετοχή", ενώ πρότεινε και τη συγχώνευση της πράξης της κατοχής εκρηκτικών υλών με αυτή της διακεκριμένης οπλοκατοχής.
Για τον Κ. Μαυρόπουλο να καταδικαστεί για το κακούργημα της απόπειρας ανθρωποκτονίας από πρόθεση για το περιστατικό που είχε σημειωθεί το Μάιο του 2011 στην Πεύκη, με δύο αστυφύλακες τραυματίες.