Ο Γιάννης Κότσιρας κρατά την προσωπική τους ζωή μακριά από τα φώτα της δημοσιότητας. Ελάχιστες φωτογραφίες έχουν κυκλοφορήσει με την σύζυγό του Κατερίνα Πέρρου με την οποία έχει αποκτήσει δύο παιδιά, τον Νικόλα και τον Κωνσταντίνο.
Ο ίδιος έχει δηλώσει ότι οι γιοι του είναι προτεραιότητά του ενώ η δημιουργία οικογένειας τον έκανε να νιωθει ευτυχισμένος και πλήρης:
"Επιτέλους νιώθω μια ευτυχία και μια πληρότητα λόγω της οικογένειάς μου. Από τη στιγμή που έγινα πατέρας οι προτεραιότητές μου έχουν αλλάξει 100%. Δεν υπάρχει κάτι που να μην έχει αλλάξει. Ακόμα και την δουλειά μου έχω αφήσει πίσω. Ο πατέρας μου ήταν ναυτικός, έφευγε μεγάλα χρονικά διαστήματα , μου έλειπε πάρα πολύ. Το κουβαλάω μέσα μου. Δεν θέλω λοιπόν να ζήσουν τα παιδιά μου αυτή την έλλειψη" είχε δηλώσει σε συνέντευξή του.
Με αφορμή τη Γιορτή του Πατέρα ο ίδιος δημοσίευσε μια φωτογραφία με τους γιους του οι οποίοι έχουν μεγαλώσει πολύ.
Έγραψε στη λεζάντα:
"Και να 'μαι μεγάλωσα κι άλλαξα.
Ο μπαμπουλίτσος με τα τσιριπίκια του"