Την προφυλάκιση του κατηγορούμενου για μίζες σε εξοπλιστικά προγράμματα Σωτήρη Εμμανουήλ αποφάσισαν εισαγγελέας και ανακριτής μετά την απολογία του.
Ο κ. Εμμανουήλ κατηγορείται για δωροδοκία και νομιμοποίηση εσόδων απο παράνομη δραστηριότητα, κατηγορίες που αφορούν ποσό 17 εκατομμυρίων ευρώ που είχαν φθάσει σε εταιρία του απο την γερμανική HDW .
Τα χρήματα που εντοπίστηκαν στην κατοχή του είναι η νόμιμη αμοιβή για την περίοδο που ήταν επιεκφαλής των ναυπηγείων Σκαραμαγκά. Αυτό υποστήριξε κατά την απολογία του στον ανακριτή διαφθοράς Γαβριήλ Μαλλή ο Σωτήρης Εμμανουήλ για τα 17 εκατ. ευρώ από την εταιρία Inveco. Φέρεται επίσης να ισχυρίζεται οτι κατ' απαίτηση της εργοδοτριας του γερμανικής εταιρίας συνεστηθη η εταιρία Inveco για να την καταβολή των πληρωμών.
Όπως ανέφερε ήταν η αμοιβή του για το μάνατζμεντ των ναυπηγείων Σκαραμαγκά επί 4 χρόνια. Επίσης ισχυρίστηκε ότι τα χρήματα αυτά τα έφερε στην Ελλάδα με το νόμο Αλογοσκούφη και πλήρωσε όλους τους νόμιμους φόρους.
Ο κ. Εμμανουήλ ισχυρίστηκε επίσης ότι εκ της θέσεως του δεν θα μπορούσε να επηρρεάσει την υπογραφή της σύμβασης.